Bei der Verpachtung von Zahlungsansprüchen zusammen mit landwirtschaftlichen Nutzflächen geht die Finanzverwaltung davon aus, dass die Flächenverpachtung umsatzsteuerfrei und die Verpachtung von Zahlungsansprüchen umsatzsteuerpflichtig ist. Ist in Pachtverträgen ausschließlich eine Gesamtpacht vereinbart, wird die Gesamtpacht in einen umsatzsteuerfreien und einen umsatzsteuerpflichtigen Teil aufgeteilt. Da eine Aufteilung durch das Finanzamt für die Vertragsparteien unter Umständen steuerlich ungünstig sein kann, sollten Verpächter und Pächter beim Abschluss von Pachtverträgen für die Zahlungsansprüche und für die Fläche jeweils einen gesonderten Pachtpreisansatz vereinbaren und im Pachtvertrag dokumentieren.
Bereits bestehende Pachtverträge ohne eine entsprechende Pachtpreisaufteilung sollten gegebenenfalls angepasst werden. Bereits seit der alten EU-Verordnung über die Zuteilung von Zahlungsansprüchen in 2005 hatten die Vertragsparteien in vielen Fällen insgesamt ausschließlich eine Gesamtpacht für die Verpachtung der Zahlungsansprüche einerseits und der Fläche andererseits vereinbart. Die Finanzverwaltung geht jedoch davon aus, dass es sich nur bei der Grundstücksverpachtung um eine umsatzsteuerbefreite Leistung handelt. Die Verpachtung der Zahlungsansprüche ist umsatzsteuerpflichtig. Diese Rechtsauffassung ist vom Finanzgericht Münster mit Urteil aus September 2015 für Altfälle auch bereits bestätigt worden. Ein weiteres Verfahren vor dem Finanzgericht Berlin-Brandenburg zu der Frage, ob die Verpachtung von Zahlungsansprüchen eine unselbstständige Nebenleistung zur steuerfreien Hauptleistung der Grundstücksverpachtung ist, steht noch zur Entscheidung aus. Als unselbstständige Nebenleistung würde die Mitverpachtung von Zahlungsansprüchen das Schicksal der Hauptleistung – nämlich die Umsatzsteuerbefreiung – teilen.
Sowohl das für Verpächter negative Urteil des Finanzgerichts Münster als auch das noch anhängige Verfahren vor dem Finanzgericht Berlin-Brandenburg betreffen zwar Altfälle, aber die Grundsätze dieser Entscheidungen sind auch auf Pachtverträge unter Geltung der neuen EU-Verordnung anzuwenden, die ab 2015 neu zugeteilte Zahlungsansprüche betreffen.
Werden zukünftig Pachtverträge abgeschlossen, in denen zusammen mit Flächen Zahlungsansprüche verpachtet werden, ist vor dem Hintergrund der bisherigen Rechtsprechung ebenfalls von zwei gesonderten und in ihrem umsatzsteuerrechtlichen Schicksal voneinander unabhängigen Leistungen auszugehen: Nämlich von der umsatzsteuerbefreiten Verpachtung der landwirtschaftlichen Flächen auf der einen Seite und der umsatzsteuerpflichtigen Nutzungsüberlassung der Zahlungsansprüche auf der anderen Seite. Um eine spätere Aufteilungsproblematik, zum Beispiel im Rahmen einer steuerlichen Betriebsprüfung, zu vermeiden, sollten für die Zahlungsansprüche und für die landwirtschaftlichen Flächen jeweils gesonderte Pachtpreise vereinbart und im Pachtvertrag dokumentiert werden.
Bei der Vereinbarung eines Pachtpreisansatzes für die Zahlungsansprüche bestehen starke regionale und einzelbetriebliche Differenzierungen. Vor diesem Hintergrund wird im Allgemeinen ein Pachtpreisansatz in einem Bereich von 30 Euro bis 50 Euro je Zahlungsanspruch für einen Hektar Fläche empfohlen, wobei bei der Festlegung des Pachtpreisansatzes für die Zahlungsansprüche im Einzelfall die jeweiligen betriebswirtschaftlichen Aspekte und der bestehende Flächendruck wertbestimmend sein wird.