Land & Wirtschaft hatte bereits im Jahr 2011 über die strittige steuerliche Behandlung der früheren sogenannten Ackerquoten, die im Jahr 2004 ausgelaufen sind, berichtet. Mit Urteil aus September 2010 entschied das oberste deutsche Steuergericht, dass entgeltlich erworbene Ackerquoten nur dann vom Käufer abgeschrieben werden können, wenn sie ausdrücklich im Grundstückskaufvertrag mit aufgenommen und bezeichnet worden sind.
Bis 2004 wurden für Flächen mit bestimmten Nutzungen, zum Beispiel Getreide oder Ölsaaten, Prämien gewährt. Diese Prämienrechte konnten unter anderem durch Pachtverträge und einen sogenannten innerbetrieblichen Flächentausch auf andere Landwirte übertragen werden. Der Landwirtschaftliche Buchführungsverband hatte daher den Standpunkt vertreten, dass es sich bei den Ackerprämien um immaterielle Wirtschaftsgüter handele, deren Anschaffungskosten gewinnmindernd abgeschrieben werden könnten, als die damaligen Flächenzahlungsverordnung im Jahr 2004 auslief. Der Bundesfinanzhof (BFH) hatte mit einem Urteil aus dem Jahr 2010 diese Ansicht bestätigt und für entgeltliche Übertragungen von Prämienrechten durch Pachtverträge und einen innerbetrieblichen Flächenaustausch eine gewinnmindernde Abschreibung beim Auslaufen der Regelung zugelassen.
Der BFH widersprach jedoch der Rechtsauffassung des Buchführungsverbandes, dass auch bei jedem Grundstücksverkauf, für das ein Flächenprämienrecht bestand, im Kaufpreis anteilig das Wirtschaftsgut Ackerquote mitgezahlt wurde und dass dieser Kaufpreisanteil ebenfalls im Wirtschaftsjahr 2003/04 gewinnmindernd abzuschreiben sei. Mit Urteil aus Januar 2016 legte der BFH fest, dass ein gesondertes immaterielles Wirtschaftsgut Ackerquote bei Grundstückskaufverträgen nur dann erworben wurde, wenn Grundstückskäufer und -verkäufer die Ackerquote ausdrücklich zum Gegenstand des Kaufvertrages gemacht hatten.
Über die Auslegung des Begriffs „zum Gegenstand des Kaufvertrages machen“ führt der Buchführungsverband aktuell ein Verfahren vor dem Finanzgericht Schleswig-Holstein. Ein weiteres Revisionsverfahren ist zwischenzeitlich eingestellt worden, nachdem die BFH-Richter die eingelegte Revision einstimmig als unbegründet abgewiesen haben.
Damit wurde die steuerliche Behandlung der früheren Ackerquoten durch die Finanzgerichte weitestgehend geklärt. Offengehalten werden sollten jedoch noch die Fälle, in denen im Kaufvertrag die Ackerquote ausdrücklich erwähnt und vom Verkäufer ausdrücklich als Grundstückseigenschaft genannt worden ist. In diesen Fällen bleibt die Entscheidung des Finanzgerichts Schleswig-Holstein in dem oben genannten Verfahren zur Auslegung des Begriffs „zum Gegenstand des Kaufvertrages gemacht“ abzuwarten.